在麦迪文的指导下，萨尔和卡利姆多人类部队首领吉安娜·普罗德摩尔认识到他们必须将分歧抛之脑后。同时，玛法里奥和泰兰德领导的暗夜精灵也意识到他们必须团结起来才能保护世界之树。在达成共识之后，艾泽拉斯的各个种族开始尽最大可能加强世界之树的防御工事。玛法里奥依靠所有人的力量成功地释放出诺达希尔的怒火，彻底消灭了阿克蒙德，将燃烧军团从永恒之井赶了出去。这场最后的战役震撼了卡利姆多的大地，未能吸取永恒之井能量的燃烧军团在艾泽拉斯联合阵营的威力面前灰飞烟灭。
虽然这场战役已经结束数年，并且最终以卡利姆多联军的胜利而告终，但随着永恒之龙军团试图篡改艾泽拉斯时间线的过去，海加尔山之战也成为了永恒之龙的目标。为了维护时间线的正确流动，玩家须经由时光之穴回到过去，协助卡利姆多联军抵抗燃烧军团的入侵。
首先玩家会来到人类营地，与吉安娜·普罗德摩尔一同迎战巫妖雷基·冬寒与恐惧魔王安纳塞隆；接下来前往部落营地协助萨尔，对抗末日守卫卡兹洛加与深渊领主阿兹加洛；最后到达暗夜精灵营地，在泰兰德·语风与玛法里奥·怒风的协助下对决最终的恶魔领主阿克蒙德。
战争前因
第三次大战在巫妖克尔苏加德将阿克蒙德召唤到艾泽拉斯世界来之后，燃烧军团便转往进攻世界之树为主要的目标。世界之树位于海加尔山的顶端，在永恒之井强大的魔法泉源下生长的树木，提供全世界生生不息的能源；若是燃烧军团夺取了世界之树的力量，便等于是获得了永恒之井的魔法泉源，也就是说全世界的生命都将遭到污染与毁灭。
萨尔与吉安娜·普罗德摩尔于石爪山相遇，两军在麦迪文的指示下共同合作，加入了暗夜精灵对抗燃烧军团的阵营。起初三方因敌对与猜忌的立场与关系，无法互信与合作。首先是兽人与人类长久以来的仇恨与敌视；而格罗玛什·地狱咆哮杀死半神塞纳留斯的仇恨也无法让暗夜精灵对兽人表现出友善，直到最后三方面才了解到：“若是无法齐心合作对抗燃烧军团，世界就会毁灭。”的残酷事实，进而组成了卡利姆多联军。
战争经过
燃烧军团所控制的亡灵天灾部队在山腰上建立了大型的军事基地，包括阿克蒙德在内的几位燃烧军团主力将领倾全力往山顶进攻。吉安娜带领的联盟军队、萨尔带领的部落军队以及由暗夜精灵哨兵和德鲁伊组成的精灵部队组成了三道防线抵抗燃烧军团的进攻，他们的目的只有一个——在世界之树的结界完成之前阻止燃烧军团的副首领阿克蒙德到达世界之树。
第一道防线由人类联盟防守，这支由吉安娜领导的联盟部队是人类仅存的力量，他们的故乡洛丹伦已被天灾军团摧毁，大批精英在保卫家乡的战斗中已损失殆尽：白银之手骑士团的圣骑士们大部分被阿尔萨斯所杀，联盟强大的魔法部队也随着达拉然之城一起被毁灭，侏儒为了抵抗来自诺莫瑞根的敌人被迫撤走了自己的机械化部队。
但是人类从来不缺乏勇气，当燃烧军团的大军压境时联盟的军队与之展开血战，没有人后退，因为已经无路可退。仅仅依靠利剑和火枪，勇敢的联盟军队打退了敌人无数次进攻。最后阿克蒙德派出了强大的冰霜巨龙，在没有足够的空军支持下，联盟军队的防线终于被突破了，但是他们争取到了足够的时间。
燃烧军团踏着联盟士兵的尸体冲到了第二道防线，这是由萨尔带领的部落军队组成的强大防线，与联盟军队相比部落军队要强大的多，巨魔和牛头人的加入大大增强了部落的战斗力，地精们也把自己的最好的装备投入战斗，地精暗雷成了所有燃烧军团步兵永远的噩梦。
战斗十分惨烈，无数的末日守卫和地狱火冲向部落的防线。部落的勇士们誓死抵抗，“鲜血与雷鸣”在这里得到了最充分的体现，它意味着光荣与牺牲，一直为燃烧军团所控制的兽人们终于可以有机会展示自己渴望自由的决心，每个兽人战士都做好准备，准备像格罗玛什那样为了自由光荣的死去。
一批又一批的战士倒下，又有更多的战士冲上来，在兽人们看来战士的宿命就是最光荣的牺牲。部落的英勇抗击给燃烧军团造成了极大的打击，光恐惧魔王就死了六个，最终阿克蒙德亲自出马，指挥大军冲破了部落的防线，萨尔的部落军队被迫撤退，但是燃烧军团已经失去了战场主动
玛法里奥和泰兰德带领的精灵部队负责防守最后的防线，世界的命运又一次落在暗夜精灵们的手里。暗夜精灵们已经不止一次地拯救过世界了，他们从不畏惧牺牲，在千年前的安其拉战役中，精灵们的勇气已经为世人知晓，今天他们再次担负起拯救世界的使命。
在前两道防线遭到顽强阻击的阿克蒙德出动了全部兵力，他知道时间就意味着胜利。精灵哨兵和德鲁伊们拼死抵抗着，德鲁伊拼命地释放治愈术仍然无法挽留住同胞的生命，绿色的森林被染成血红色。
最后阿克蒙德终于登上山顶，欲爬上世界之树吸取能量时，大德鲁伊玛法里奥·怒风吹响号角，将世界之树与森林中所有精魂的力量释放出来，包围住阿克蒙德使其全身燃烧，最后的爆炸也让世界之树受到极其严重的伤害，并令世界之树周围的树林烧毁。
战后影响
艾泽拉斯世界再一次免于被摧毁，暗夜精灵失去了其永恒长生不死的力量，于是在卡利姆多大陆西北方种下一棵新的世界之树——泰达希尔的，作为他们的新家。
萨尔则率领部落的战士们回到杜隆塔尔继续对抗卡利姆多大陆其它的敌人，吉安娜在塞拉摩岛建立了海军的基地，与联盟取得联系。
阿克蒙德在此被击败，而另一位基尔加丹则开始积极想要除掉叛离燃烧军团独立的天灾军团，便指使伊利丹·怒风前往诺森德大陆阻止阿尔萨斯取得巫妖王的力量。
副本首领
雷基·冬寒
雷基·冬寒是海加尔山之战中出场的巫妖，它在那场战役中就作为首发英雄冲击人类联盟的防御设施。根据魔兽历史记载，雷基·冬寒的力量应当在所有巫妖中是出类拔萃的，因此阿克蒙德才会派出它来作为先锋部队。
和那些忠于巫妖王的巫妖不同，雷基·冬寒是燃烧军团最狂热的追随者，强大的法力和残忍的恶魔法术是他成为基尔加丹手下的得力干将。雷基·冬寒第一次亮相是在围攻壁炉谷的时候，但此后出于对天灾军团的厌恶和对燃烧军团的忠诚，雷基并未过多的参与天灾军团的战斗，直到海加尔山的最后一战。海加尔山之战中，雷基·冬寒作为第一位总指挥攻打吉安娜的人类营地，最终功亏一篑，尘归尘土归土了。海加尔山之战中是最弱的，能力远差于安纳塞隆和阿兹加洛。
安纳塞隆
魔兽世界中的一位英雄，一个敏锐而可怕的恐惧魔王，他在纳兹雷瑞姆恶魔中的地位仅次于被伊利丹杀死的头号领导人物提克迪奥斯。
安纳塞隆，一个敏锐而可怕的恐惧魔王，他在纳兹雷瑞姆恶魔中的地位仅次于被伊利丹杀死的头号领导人物提克迪奥斯。提克迪奥斯死后，他接替了前任领袖的位置。
他平时守候在扭曲虚空中，充当阿克蒙德和提克迪奥斯之间的信使。提克迪奥斯监视着巫妖王，当恶魔们发现目标的背叛倾向时，他们也感到愤怒，不过提克迪奥斯对此很自信，他认为，尽管别有用心，巫妖王仍然提供了燃烧军团入侵艾泽拉斯大陆的一切要件。在扭曲虚空的一次会议中，提克迪奥斯向安纳塞隆传达了“一切仍在良好的掌控中”的信息。
安纳塞隆是辅助监视巫妖王的恐惧魔王之一，同时也是首先发现阿尔萨斯可能对军团不利的恐惧魔王之一。
由于安纳塞隆，提克迪奥斯和墨菲斯托斯三名恐惧魔王只有向阿克蒙德宣誓效忠，这意味着他们只忠于污染者阿克蒙德，但对基尔加丹可以说毫无忠诚可言，这也很好地说明了日后阿克蒙德阵亡后恐惧魔王残党（瓦里玛萨斯，德赛洛克和巴纳扎尔）的异常举动。
当阿克蒙德来到艾泽拉斯时，安纳塞隆担任阿克蒙德的贴身护卫。当提克迪奥斯被伊利丹所杀后，他和恐怖的巫妖雷基·冬寒一起取得了天灾军团的命令权。
在进攻海加尔的战役中，安纳塞隆参战，并在对抗哨兵部队、联盟和部落时展示出了他领导军队的才能和韧性。当阿克蒙德出发击溃世界树时他被安排镇守军团的营地。然而最后，他并没有注意到阿克蒙德的险境，当他感受到阿克蒙德的力量归于沉寂和污染者之死时，一切已经太晚了。他和大部分入侵的燃烧军团恶魔甚至来不及逃跑，就被狂怒的海加尔联盟战士们淹没了，安纳塞隆自己也死于混战之中。
卡兹洛加
卡兹洛加相对于前两个首领名气要小很多，但是它的难度也非常之大。作为海加尔山攻击联军的第三波力量，末日守卫卡兹洛加的实力绝对不可轻视。
阿兹加洛
阿兹加洛是玛诺洛斯手下大将。在玛诺洛斯被格罗玛什·地狱咆哮杀死之后，阿兹加洛负责海加尔山之战燃烧军团地面进攻力量。阿兹加洛一开始的任务是陪伴阿克蒙德前往世界之树：诺达希尔。后来由于燃烧军团的兵力进展不利而亲自出战，并最终还是被联军击败。
阿兹加洛的种族是安尼赫兰（即深渊领主）。阿兹加洛曾经是恶魔陆军的领导者玛诺洛斯的副官，自从玛诺洛斯被格罗玛什·地狱咆哮斩杀后，他直接接替了玛诺洛斯的职务，领导恶魔陆军。
阿兹加洛不如他的前任上司那样聪明，但他对混乱、暴力和折磨的狂热超出了所有人的想象。他接到的第一个任务就是，配合阿克蒙德进攻海加尔山顶。阿兹加洛释放出了无比强大的恶魔力量，其无坚不摧的攻势毁灭了敢于抵挡他的任何一个凡间生物。然而，就在燃烧军团满以为胜利在望时，阿克蒙德却中了玛法里奥·怒风的圈套，被炸死在世界之树下。燃烧军团也随之再度溃败。
在这场战斗中，阿兹加洛失踪。不少人都认为他在战斗中阵亡了。但事实是，阿兹加洛在那场战斗中趁乱逃回了扭曲虚空，并开始策划军团的复仇计划，发誓摧毁艾泽拉斯所有的生命。他在扭曲虚空中集结着所有他能够联络到的力量，募集了数不胜数的邪恶军团。
阿兹加洛最爱使用的武器是名为“怨恨”的双头巨剑。怨恨是深渊领主的领袖玛诺洛斯耗费了大量心力所创造的杰作，他将这把聚集了酸蚀与寒冷之力的武器赠送给了阿兹加洛，希望阿兹加洛能利用这把武器制造更大的破坏和恐慌。怨恨里封印了无数恶魔的邪恶灵魂，因此这把武器有些许自我意识——虽然不能和主人交流，但使用者总是能感受到来自怨恨的破坏意识。很奇怪的是，阿兹加洛在进攻海加尔的时候并没有携带这把他最得意的武器。
阿克蒙德
阿古斯
年轻时，阿克蒙德是法师组织唤醒者的领袖，强大的艾瑞达巫师萨奇尔的学徒。有传闻说阿克蒙德对他导师的力量及影响力垂涎不已，但萨奇尔本人从未采信这些流言。在他眼中，阿克蒙德忠心不二——这名学徒还曾大费周章地为这名艾瑞达高层制造了一顶王冠，并亲自为他测量了头围。与此同时，萨奇尔和阿克蒙德还是那个时代最为突出的颅相学理论支持者，这个理论认为一名艾瑞达的颅骨形状决定了他的施法能力。萨奇尔本人则特别以有着“巫师始祖”的颅骨而名声在外、备受崇敬。
尽管萨奇尔认为这名学徒忠心耿耿，但在他集结了一支强大的恶魔军队，准备将自己扶上艾瑞达独裁者的宝座之时，阿克蒙德却是唤醒者中唯一一个拒绝与其领袖同行的。尽管阿克蒙德并不厌恶恶魔——事实上，他甚至很喜欢他们——他却更希望满足自己巨大的野心，让自己成为能与艾瑞达两位领导者（基尔加丹和维伦）平起平坐之人。在唤醒者准备好发动政变的前夜，他悄悄离去，将他导师的计划禀报给了阿古斯的统治者们，并承诺亲自呈上那名叛徒的头颅。“为此，你们应该杀了他。”阿克蒙德说道。
阿克蒙德亲自破坏了隐藏萨奇尔军队的魔法屏障，领导着一批法师袭击了唤醒者们的秘密训练场。未作准备的唤醒者们被轻易击败，而群龙无首的恶魔也被轻松屠灭。当萨奇尔尝试召来更多援军之时，阿克蒙德与他相遇，一剑便将他昨日的导师斩首。战后，觉醒者们的尸体被烧尽，他们的一切书籍档案也被摧毁，阿克蒙德则被尊为英雄。后来，他请来一名阿古斯顶尖珠宝匠装饰了萨奇尔的颅骨，并骄傲地将其展示在自己的住所中。他将此举动对外宣称为一种警示，告诫他们不要重蹈萨奇尔的覆辙——而事实上，他用特殊的金属将其修饰，是为了增强其引导魔法的能力。
阿克蒙德最终实现了自己的野心，获得了和基尔加丹及维伦一起统领艾瑞达的权利。但随着时光流逝，以萨奇尔精心装饰的颅骨作为媒介，一位强大的恶魔存在开始渗透进了他的心智。当他入梦，阿克蒙德看到了这般景象：无数文明被一支辉煌大军征服，黑暗之神立于阵前，轻声向他许诺以凡人无可想象的力量。因此，当萨格拉斯降临阿古斯时，阿克蒙德是第一位接受黑暗泰坦提议的艾瑞达。
燃烧军团的恶魔
约两万五千年前，萨格拉斯接触了阿古斯的三位统治者，向他们提供了最重要的问题：“那深埋在浩瀚宇宙之中的最大缺陷究竟为何物？”的答案，以换取他们的效忠。身为渴求知识的种族，大部分艾瑞达接受了条件，但阿克蒙德同意的主要原因却是力量。只有维伦不但拒绝了，还“背叛了基尔加丹”，在纳鲁的帮助下和追随者们逃离了阿古斯。基尔加丹发誓他终将找到并碾碎维伦，而阿克蒙德对基尔加丹的这种情感虽然并不赞同，却也没有做出任何阻止基尔加丹的行动。
阿克蒙德成为了萨格拉斯的军队指挥官，他在无数世界取得了胜利，并用他的强大意志将军团恶魔变为了极度野蛮而暴力的种族，这也同时压榨、磨练出了所有臣服于他之人的最大潜力。艾瑞达加入燃烧军团后，又帮助萨格拉斯收服了许多新的恶魔种族。而阿克蒙德本人则征召了名为安尼赫兰（又称深渊领主）的种族， 使他们成为了活体攻城器。阿克蒙德将他前导师的颅骨用作对付军团敌人的强力道具，他通过这颅骨召唤了无数恶魔大军，毁灭了无数世界。由于它的强大力量，后来，颅骨又被多次交给萨格拉斯的精锐将领们使用。
上古之战
约一万五千年后，艾萨拉女王对魔法的鲁莽使用引起了萨格拉斯的注意。他令阿克蒙德、玛诺洛斯和犬王哈卡领导了那灾难的、毁灭性的入侵。千万恶魔大军穿过永恒之井旁的传送门，在上古卡利姆多大陆上随心所欲地散布灾祸——将每一栋建筑化为废墟，使每一只生物血肉四溅。上古之战开始了。在战争中，阿克蒙德亲手掐死了古老的玛洛恩，艾泽拉斯最强大的半神之一。这是记载中为数不多地使得伊瑟拉睁开了眼睛的几次事件之一。
但就在军团似乎势不可挡之时，一名年轻的德鲁伊，玛法里奥·怒风，集合了一小群暗夜精灵，并在塞纳留斯的林间盟友和阿莱克丝塔萨强大的巨龙军团的帮助下，对恶魔军队发起了反击。在永恒之井被摧毁前，阿克蒙德抓住了加洛德·影歌，以虐待他为乐，几乎将他活活打死。但在这最后的激战中，传送门不再能保持稳定，最终坍塌——永恒之井的毁灭同时撕裂了世界。这一事件将阿克蒙德及其部下放逐回了扭曲虚空的燃烧深渊。
第二次入侵
阿克蒙德在扭曲虚空的黑暗深处暴跳如雷，他沉思了万年，为萨格拉斯计划一次新的入侵。这一次，他们的目标依然是永恒之井——第二口井，世界之树诺达希尔在其旁边栽种。他的同僚，基尔加丹，通过耐奥祖（后来换成了古尔丹）侵入了德拉诺——流亡者的避难所。在玛诺洛斯之血的帮助下，兽人部落的酋长们被腐化了，嗜血的欲望控制着他们，使他们进入了狂躁的暴怒状态。这不仅吞噬了大多数德莱尼的生命，更吞噬了他们自己的世界。这些兽人成为了军团的先驱，军团希望他们摧毁艾泽拉斯的防御力量。最终，前阿拉索帝国的人类和他们的盟友共同击败了兽人，这些外来物种的邪恶任务失败了。
但是，军团还有另一位“老朋友”可以利用。耐奥祖，影月氏族的黑暗萨满，和他最忠实的一些下属一起进入扭曲虚空，试图找到新的世界以逃离基尔加丹的怒火，并在那里生存。但他最终还是被抓住了。经过了一段时间的折磨，耐奥祖最终被迫同意成为巫妖王，控制亡灵天灾的永恒灵魂。这是一支如此强大的力量，军团期望他们继续部落未完成的任务。
亡灵天灾确实满足了他们的期望。
阿克蒙德准备前往艾泽拉斯指挥入侵，但他需要进入这个世界的媒介。他的力量过于不凡，以至于若想要召唤他，也得有极强大的力量才行。他最终等到了克尔苏加德作为召唤者的联系。巫妖在阿尔萨斯的帮助下从达拉然窃取了麦迪文之书，并如同污染者所约定的，在黄昏开始了召唤。在召唤仪式进行的过程中，天空被撕开裂隙，地狱火和地狱犬出现援助天灾军团。最终，仪式成功了，阿克蒙德再一次来到了艾泽拉斯的土地上。
入侵洛丹伦及卡利姆多
阿克蒙德首先将提克迪奥斯派去掌管天灾军团，并称已经不再需要巫妖王了。但他并不知道，巫妖王对此早有准备，并将其纳入了他的宏伟计划之中。
开始入侵之前，阿克蒙德为那些胆敢抵抗军团的人“举了一个例子”：他制作了魔法之都达拉然的模型，然后单手就摧毁了它——同时，这魔法也摧毁了达拉然本身。
对洛丹伦的入侵毫不留情地继续着，阿克蒙德的魔法召唤了无数恶魔生物，包括穷凶极恶的深渊领主，玛诺洛斯。他们夷平了洛丹伦的国土，蹂躏一切所见的事物。但是，提克迪奥斯很快发现兽人们不见了。军团跟随他们渡过了海洋，在那里他们不止找到了兽人，更有曾在万年前成功放逐他们的，“卑鄙的”暗夜精灵们。阿克蒙德、玛诺洛斯和提克迪奥斯策划了一场阴谋，他们计划重新奴役兽人，用他们摧毁暗夜精灵信仰的半神塞纳留斯。这个计划成功了一部分：玛诺洛斯腐化了格罗玛什·地狱咆哮和战歌氏族，派他们斩杀了塞纳留斯。但后来，地狱咆哮挣脱了控制，与玛诺洛斯同归于尽——这同时也终止了军团对兽人的控制。
尽管付出了玛诺洛斯死亡的代价，阿克蒙德还是得到了他想要的结果：塞纳留斯的死亡。他发动了对卡利姆多的入侵，自己则公然面对他的暗夜精灵敌人。他甚至遇见了泰兰德·语风，暗夜精灵哨兵部队的“傲慢”领袖。她唤醒了大德鲁伊玛法里奥，他们再次并肩与军团作战。
污染者继续着对卡利姆多的无情入侵，他在许多场前线战斗中出现，与部落、联盟及暗夜精灵的联合部队作战。在阿克蒙德的命令之下，提克迪奥斯使用古尔丹之颅腐化了灰谷的森林，使许多本土生物成为军团的随从。但军团很快遭受了一次沉痛的打击：暗夜精灵伊利丹·怒风窃取了颅骨，用其中的力量杀死了提克迪奥斯。阿克蒙德却似乎对他的失败不甚在意，只是让他手下最忠诚的恐惧魔王安纳塞隆和雷基·冬寒，这名罕见地值得信任的巫妖一起，接下统领天灾的任
诸神之黄昏
阿克蒙德继续向着他入侵的最初目标前进。恶魔领主对世界之树诺达希尔发动了一场浩大的进攻。玛法里奥认为，阿克蒙德的目标是抽取树中的能量，这将同时抽走暗夜精灵所拥有的力量和永恒。事实上，阿克蒙德的真正目标是抽取第二口永恒之井的力量，以向着他的目标——获得能与萨格拉斯媲美的力量——更进一步。但泰兰德和玛法里奥与萨尔和吉安娜·普罗德摩尔结盟了，他们的盟友还有影牙黑暗巨魔和树皮熊怪。阿克蒙德登上海加尔山的脚步慢得令人烦躁：他必须在阿兹加洛、雷基·冬寒和安纳塞隆的帮助下，摧毁那些前仆后继的抵抗力量。
由人类、兽人和暗夜精灵组成的抵抗者们确实延缓了阿克蒙德的步伐——但他狡猾的头脑和非常的力量让他一个接一个地摧毁了他们。他先是击垮了吉安娜的部队，然后是萨尔的，最终他来到了暗夜精灵部队面前，大手一挥便轻易解决了问题。阿克蒙德碾碎了护卫世界之树的魔法大门，开始向树顶爬去。随着他攀得越来越高，他的体型也越来越大。恶魔领主坚定地准备着摧毁世界之树并获取其中的力量，并未在意对那些在他附近聚集的，看似无害的小精灵。
在阿克蒙德尝试将世界之树撕离永恒之井时，玛法里奥举起塞纳留斯之角召唤了森林中的祖辈守卫的力量。几千个小精灵从周围的林木中升起，在阿克蒙德周身聚集，最终发动了一场巨大的爆炸。 这成功摧毁了恶魔领主，也将森林和世界之树本身几乎炸成灰烬。这是自然的力量，自然不会容许他的污染。阿克蒙德从艾泽拉斯消失了，但随着时间流逝，世界之树终将复原。