《本草纲目》是伟大的医药学家李时珍（1518－1593年），以毕生精力，亲历实践，广收博采，实地考察，对本草学进行了全面的整理总结，历时27年编成。全书52卷，约200万言，收药1892种（新增374种），附图1100多幅，附方11000余首。是集我国16世纪以前药学成就之大成，在训诂、语言文字、历史、地理、植物、动物、矿物、冶金等方面也有突出成就。本书十七世纪末即传播，先后多种文字的译本，对世界自然科学也有举世公认的卓越贡献。
但是长期以来，对《本草纲目》所收录的一些内容，有观点认为其存在与现代认识不相符合之处。例如，《本草纲目》认为铅粉辛寒无毒，现代医学则认为其有剧毒。又如，《本草纲目》认为孝子衣帽、寡妇床头灰、草鞋、梁上尘等皆可入药。这导致当今社会的一些人以此来全盘否定《本草纲目》。
《本草纲目》系统总结了我国16世纪前药物学的知识和经验，素以“集本草之大成者”、“中国古代的百科全书”誉称于世，其学术价值得到了古今中外的公认，实用价值也同样不可等闲视之。
首先，《本草纲目》辨正了以往本草著作中的诸多重大疑误。在《本草纲目》特设的“正误”一栏中，李时珍依据中医理论以及个人临床经验与亲身观察，指出前代本草著作中药名、产地、形态、气味、主治等多方面的误解。例如，黄精补中益气，钩吻则有大毒，有“断肠草”的别名，历代本草对二者形状分辨不清，有谓相似，有谓不同，莫衷一是。李时珍经过长期而仔细的考察，明确肯定了二物迥然有别之处。再如，自古以来，服食丹药之风盛行不衰，当时的明世宗也沉迷于炼丹术，但李时珍却多次指出服食丹药的危险。又如水银，东晋葛洪《抱朴子》以及历代多种本草认为不仅无毒，而且“久服神仙”，对此李时珍的态度是，在实事求是地指出滥服水银的危害性同时，也认可了水银的药用价值。
其次，新增大量药物，临床多可使用。李时珍在《本草纲目》中新增药物374种，有的是前代本草著作虽记载，但未曾单列的；有的是他“书考八百余家”，从方药著作乃至经史子集中搜罗的；有的是前代文献未见记载，而由他亲自访问、尝试发现的。这些新发现的药物，其中不少仍为今日临床常用，如被李时珍归纳为能“止血、散血、定痛”的三七，可“去烦热、利小便、清心、能堕胎、催生”的淡竹叶以及土茯苓、石见穿等等，均属临床常备之药。
第三，根据所论药物的功用，广泛搜集以该药为主药的方剂。《本草纲目》药物各论设立的“附方”一栏，收录历代方剂达万余首之多。由于李时珍是一位来自民间的医药学家，深知民众的疾苦和切实需求，因而所收方剂绝大多数是五味以下的小方，具有“药简、效专、价廉、使用方便”等特色。例如，用酒或水煎服白术，可治疗湿邪所导致的骨节酸痛；香附子去毛炒焦研末，热酒送服，可治疗妇人血崩；酒渍炒杜仲，可治疗因风冷伤肾引起的腰背虚痛，等等。这些方剂多能取得良效，实用价值显而易见。
第四，药物分类科学合理，有条不紊。分类的目的是既要体现学科系统，又要方便寻检。不同于《神农本草经》创立的上中下三品的主观分类法，《本草纲目》的“纲目”重在“物以类从，目随纲举”。具体又可细分为四：其一，以部为纲，以类为目。将1892种药物按照自然属性，纲立十六部，目分六十类。十六部依据“从微至巨”、“从贱至贵”的原则排列，与生物进化学说大致吻合。这一做法不仅为后世本草所承袭，也为现代动植物分类学者所珍视。其二，以类为纲，以药为目。由于药物种类繁多，要分清形状相似药物的性质而辨明其为一物还是二物及其所属类别，远非轻而易举的事。类纲药目确定后，将近两千种药物便有了具体归属，读者便可“按图索骥”地查寻。其三，总名为纲，分名为目。如标粱为纲，而黄粱米、白粱米、青粱米为目。其四，“标名为纲，列事为目”。即以药物的名称为纲，下列“释名”、“集解”、“修治”、“气味”、“主治”、“发明”、 “正误”、“附方”八个项目(即“事”)，内容广泛，叙述精详。采取纲目分类的原则编排，是当时最先进、最完备的分类方法，也是最容易查检的编排方法。
当然，《本草纲目》并非白璧无瑕。
首先，《本草纲目》是一篇综述，李时珍在撰写的时候只是作为一个信息的收集者，把他所能接触到的所有药物都收入其中。它把有趣的东西统统收罗起来，最后难免又假的在其中，但你只是要编一部合集，没有能力去逐一查证每个东西的真假。
第二是以现代人的眼光来看《本草纲目》收录了一些现在看来匪夷所思的“药物”，如寡妇床头尘土、梁上尘之类。编写本草书籍，大致有简、繁二途。清代大部分本草著作，如《本草备要》、《本草从新》等，从《本草纲目》中选择临床常用、疗效肯定的药物，编撰成书，属于从简的写法。而李时珍则认为，编写本草之书应“不厌详悉”，“凡经人用者，皆不可遗”，因而多方采集，甚至包括一些“有名未用”的。李时珍之“从繁”，有其深意所在。他曾经在评价陈藏器《本草拾遗》时说：“天地品物无穷，古今隐显亦异，用舍有时，名称或变，岂可以一隅之见，而遽讥多闻哉？”因此，“不可以今之不识，便废弃不收”。
第三就是有些药物性味的说法有误，如说铅粉无毒，现代药理分析为有毒。
但是许多人借用《本草纲目》中的一些不能被当今社会所接受的东西来嘲讽本草和李时珍。实属断章取义
李时珍在《本草纲目人部》开头有：《神农本草》，人物惟发 一种，所以别人于物也。后世方伎之士，至于骨、肉、胆、血，咸称为药，甚哉不仁也。今于此部凡经人用者，皆不可遗。
可以推测他本人持着怀疑态度但是还是尽量记载下来了，关于这一点有知觉的朋友们都注意到了。
所以对于评价《本草纲目》，可以借引鲁迅先生的看法。上个世纪，鲁迅先生以“令飞”的笔名发表题为《科学史教篇》的论文，在谈到如何正确评价古代社会文化现象时说，评论某一时代的文化现象，不能套用今天的标准，而应当设身处地于当时社会，按照古人的思想，与前代、同时代所达到的水平加以比较，作出的评价才比较合理。所以说，小疵难掩大醇，也无损于《本草纲目》的崇高形象和社会价值。中医在今天饱受科学性质疑，但与评价《本草纲目》无关。不能在李时珍所处的年代要求他具备今天的科学素质。
