中国南海九段线与纳土纳群岛附近海域重叠
南海问题复杂难解，不仅涉及领土主权争端也涵盖海洋权益纠纷，不仅中国与越、菲、马来西亚、文莱之间存在争端，菲律宾与马来西亚就沙巴州也存在主权争议。由于东南亚各国各自引申海洋法公约做出对本国有利的解释，因此普遍存在所谓专属经济区大面积重叠现象。
由于各国对海洋权益的重视程度不同，经济这种专属区纠纷时而紧张时而缓和。中国与印尼就纳土纳群岛与九段线附近的渔业资源捕捞纠纷就属于此类问题。尽管中国与印尼不存在领土争端，但印尼为了扩大在南海地区影响力获取更多经济利益，以本国“专属经济区”渔业资源被他国非法捕捞为由在近年频繁抓扣他国渔船。此前，该海域曾发生过中国渔船在南海九段线内遭印尼执法船扣押，中方海警船紧急追击解救的事件。
不过，在南海争端中，并非所有国家都像中国一样行动克制。4月27日，印尼与越南在纳土纳群岛西北部海域发生一起激烈冲突，一艘越南渔船沉没12名渔民被印尼扣押，2名越南渔民跳海，对峙期间越南渔政船直接撞击印尼护卫舰。
法新社4月29日报道称，印尼与越南就非法捕捞问题于上周六在南海发生冲突。印尼海军发布现场视频，称本国护卫舰KRI Tjiptadi（381）在纳土纳群岛西北约161海里处拦截一艘越南渔船时，遭到两艘越南渔政船（KN-231、KN-264）阻拦，在对峙期间，越南舰船恶意撞击印尼军舰。
事件导致越南渔船沉没，12名渔民被抓，2名越南渔民跳海逃生被本国渔政船解救，印尼外交部于4月29日召见越南大使进行抗议。印尼外交部称“事发地点位于印尼专属经济区，印尼拥有资源开发专属权，越南渔政船采取的行动危及两国军人生命，不符合国际法和东盟精神。”
印尼与越南舰船碰撞现场
纳土纳群岛位于南海南端，紧邻中国南海九段线，越南也对该海域提出专属区声索。印尼海军没有详细说明越南渔船沉没原因，仅表示可能因意外碰撞而沉没。现场视频显示，越南渔政船从左侧撞击印尼护卫舰，印尼海军士兵持枪警戒，在碰撞过程中越南船只右舷受损明显。随后，印尼士兵手持木棍打砸越南船只上的设备，并高喊“狗”、“猪”等侮辱性词汇。
印尼作为世界最大的群岛国家，近年来加强对本国主张的专属经济区的排他性管辖，印尼于2017年将南海南部海域重新命名为“北纳土纳海”，自2014年以来已经在该海域抓扣来自越南、菲律宾、中国和其他国家的数百艘渔船。印尼海军曾动用军舰集中炸毁扣押的他国渔船。
印尼西部舰队司令Yudo Margono少将称，被抓获的12名越南渔民位于印尼海军基地内等待法律诉讼，跳海的2名越南渔民被越南船只救起后逃离。
此次事件是印尼强化对南海南部海域管辖权的最新行动。印尼渔业部长Susi Pudjiastuti29日宣布，印尼摧毁他国“非法捕捞”渔船的做法暂停了几个月，但最新冲突促使印尼恢复该行动。印尼将在5月5日再次炸毁51艘外国渔船，主要来自越南。
目前尚不清楚事发海域是否位于中国南海九段线以内，印尼除了动用军事力量在附近海域执法外，还在纳土纳群岛新建军事基地。中国曾多次抗议印尼在南海的单边行动。
